La banque est sous le coup d’une plainte d’une ONG pour financement illégal d’armes au profit de Kigali en 1994.
Constituée partie civile en compagnie de deux autres ONG, l’association SHERPA accuse la BNP de « complicité de génocide, de crimes contre l’humanité et de crime de guerre ». En juin 1994, alors que le Rwanda était soumis à un embargo sur les armes décrété par les Nations unies depuis le 17 mai, la BNP aurait financé un achat d’armes au profit du gouvernement de Juvénal Habyarimana. Ces armes étaient officiellement destinées aux Forces armées zaïroises (aujourd’hui République démocratique du Congo). Elles ont donc été livrées par avion, en deux fois, à Goma, la grande ville de l’est de la RDC. Le contrat a été conclu entre le marchand d’armes sud-africain Petrus Willem Ehlers et le colonel Théoneste Bagosora, directeur de cabinet au ministère rwandais de la Défense, et un officiel congolais. Mais les caisses, qui contenaient des AK 47, des grenades et des mortiers et des munitions diverses, n’auraient fait que transiter par Goma : elles seraient ensuite parties par la route pour Giseny, principale ville de l’ouest rwandais, et distribuées à des miliciens hutus travaillant pour le compte de l’armée rwandaise. Le fait que le paiement de 1,3 million de dollars au profit de Petrus Ehlers ait bien été réclamé à la BNP par la Banque nationale du Rwanda prouve que l’établissement bancaire a bien eu connaissance de l’implication rwandaise dans la transaction, même si l’argent a finalement suivi quelques détours avant de parvenir au destinataire final.
Dans la plainte déposée par Sherpa, il est bien question de « complicité », ce qui signifie qu’il n’est pas reproché à la BNP une « intention » de participer au génocide rwandais, mais simplement le fait qu’elle avait connaissance des événements qui étaient en train de se dérouler au Rwanda au moment de la conclusion du contrat. Elle aurait donc financé l’armement des miliciens en toute connaissance de cause, et de conséquence.