Un mouvement politico-militaire a été créé, le 7 juin « pour chasser les islamistes » de Tombouctou, actuellement sous la férule de groupes islamistes radicaux.
Le Mouvement des patriotes pour la résistance et la libération de Tombouctou (MPRLT) qui revendique plusieurs centaines de combattants, envisage de « mener des actions militaires contre les envahisseurs, jusqu’à leur départ », selon Boubacar Maha, ancien administrateur dans la région de Tombouctou et porte-parole du MPRLT. « Parmi nous, il y a des Songhaï de Tombouctou, qui sont les populations sédentaires, et des Touaregs noirs. Nous somme contre l’indépendance, contre les islamistes, nous revendiquons notre attachement au Mali ». Tombouctou est déchirée depuis deux mois entre plusieurs groupes, les rebelles touaregs du Mouvement national de libération de l’Azawad (MNLA), les islamistes d’Ansar Dine et les jihadistes d’al-Qaeda au Maghreb (AQMI), leurs alliés qui ont appliqué la Charia et instauré une nouvelle police islamique, installée dans le siège de la Banque malienne de la solidarité, au centre de la ville historique.
En mai, des jeunes avaient déjà formé le Font National de libération du nord Mali (FLNM), un groupe armé qui « entend mener une véritable guérilla dans les maquis contre les envahisseurs islamistes et le MNLA » et mettre un terme à l’occupation et aux velléités d’imposition de la charia par les islamistes dans le Nord-Mali. Parmi les initiatives de résistance, on trouve, également le mouvement Ganda Koy (Maîtres de la terre), qui a joué un rôle lors des précédentes rébellions touaregs et qui est formé par des jeunes Songhaï opposés à la violence qui sévit dans la région.
De leur côté, les intellectuels, hommes de culture et artistes de Tombouctou ont publié au centre « San Chirfi Alpha » de la ville, une déclaration dans laquelle ils attirent l’attention de la communauté internationale et de l’UNESCO sur les graves menaces qui pèsent sur le patrimoine matériel et immatériel de l’humanité de cette ville. « Hier baptisée ville des 333 saints, Tombouctou est aujourd’hui une ville aux 333 armes. Reconnue comme ville de paix sans armes, Tombouctou est aujourd’hui hérissée d’armes. Tombouctou est sous une menace fulgurante. Sur chaque mausolée de Tombouctou est braquée une roquette, sur chaque mosquée est dirigé un canon, sur chaque site plane une bombe. Ce document est un cris déchirant d’une digne Cité qui pleure des larmes de sang, des sanglots angoissés, d’une cité isolée du monde, le soubresaut d’une Cité ahurie, vide et abandonnée à l’indifférence totale », disent les intellectuels dans cette adresse à Irina Bokova, secrétaire générale de l’UNESCO.
À Gao, une manifestation de protestation, le 16 mai, a été brutalement réprimée par les rebelles du MNLA. Les jeunes manifestations avaient défilé au cri de « Vive le Mali, à bas l’Azawad ! », certains habillés aux couleurs nationales, vert, jaune, rouge. Une première depuis l’occupation de la ville, fin mars. À Bourem, également, la révolte des jeunes gronde. Dans cette ville située près de Gao, qui a joué un rôle majeur dans la fin de la rébellion touareg des années 1990 et qui se veut avant tout « malienne », l’arrivée des envahisseurs a été marquée par une exceptionnelle violence dont de nombreuses exécutions sommaires de civiles. « A Bourem, toutes les ethnies vivent en parfaite symbiose, nous ne connaissons pas l’amalgame, la haine, la guerre, le tribalisme » déclarait récemment la députée Haïdara Aïchata Cissé, Bourem, qui réaffirmait l’attachement de la population à l’unité et l’indivisibilité de la République du Mali. Aujourd’hui, la charia est appliquée dans tous les domaines de la vie quotidienne par les hommes du mouvement pour l’unité et le jihad en Afrique de l’Ouest, le MUJAO qui ont relayé Ansar Dine. Port de la burka obligatoire, fin des écoles mixtes, jours de repos les jeudis et vendredis, interdiction de se promener la nuit, de regarder la télévision et d’écouter de la musique. Mais aussi, pillage et destruction de tout matériel de musique, et dernièrement interdiction pour les garçons de porter des pantalons et des chemises. Les jeunes de Bounem avaient décidé de descendre dans la rue, mais y ont renoncé sous la pression des adultes qui craignaient un massacre. Ils n’ont pas dit leur dernier mot.