Le Sud-Soudan est devenu un nouveau pays indépendant, mais ses vieux démons, à savoir la division et les conflits inter-ethniques sont toujours présent et menacent son avenir.
Le sommet du futur État du Sud-Soudan est menacé par les ambitions de ses principaux représentants. Ainsi le vice-président Riek Machar, issu du groupe ethnique Nuer, est un personnage controversé : il s’était séparé de John Garang en 1991 pour se rallier à Khartoum, qu’il a finalement quitté pour regagner la Soudan’s People Liberation Army (SPLA) de Garang. Son alliance actuelle avec le président du gouvernement autonome du Sud Soudan, Salva Kiir , demeure fragile. De plus, Riek Machar a longtemps nourri des revendications territoriales sur l'Éthiopie et le Kenya, ce qui est de nature à inquiéter les voisins du futur État indépendant. Les futurs dirigeants sud-soudanais ont aussi une réputation à rebâtir en ce qui concerne la gouvernance. L’un des motifs de discorde en son sein est la décision de louer 400 000 hectares de terres fertiles, qui recèlent des minéraux et du pétrole, à la Société Jarch appartenant à l’Américain Phil Heilberg. Homme d'affaires peu scrupuleux, ce dernier ne cache pas son intention de tirer profit de l’implosion éventuelle de l'Ethiopie. Heilberg est allié au seigneur de guerre le général Paulino Matiep (un Nuer) et travaille main dans la main avec le fils de celui-ci, Gabriel. Le groupe soutenant Salva Kiir (lui-même issu de l’ethnie majoritaire Dinka) n'est pas en faveur de cette concession en voie d’être attribuée à la Société Jarch.
Le Sud-Soudan entre ainsi dans une période critique, où les des conflits ethniques risquent de se manifester de façon brutale, encouragés indirectement par les ingérences étrangères et les intérêts des compagnies internationales, prêtes à jeter leur dévolu sur un Sud-Soudan affaibli par ces tensions au sommet.